A versão 4 do assinador BRy Signer ainda pode ser usada, mas é preciso configurá-lo para que assine no padrão CMS utilizando SHA1:

1 - Abra o BRy Signer e clique em Configurações;
2 - Na janela Configurações, clique na aba Assinatura Digital;
3 - Selecione o padrão de assinatura CMS;
4 - No campo Configurações específicas, marque a opção SHA-1;
5 - Clique em Salvar;